Obec Horní Pěna se nachází v Jihočeském kraji, v okrese Jindřichův Hradec, 6 km jihovýchodně od Jindřichova Hradce a 11 km severozápadně od Nové Bystřice, v Javořické pahorkatině Českomoravské vrchoviny. Jihovýchodní část katastru Horní Pěna leží na území Přírodního parku Česká Kanada. Obcí prochází silnice II. tř. č. 128 z Jindřichova Hradce do Nové Bystřice, pokračující dále do Rakouska.